Protokół kryptograficzny – protokół wykorzystujący algorytm kryptograficzny w celu zapewnienia odpowiedniego poziomu poufności i wiarygodności pomiędzy komunikującymi się stronami. Opisuje sposób użycia algorytmu oraz zapewnia, że niemożliwe jest dowiedzenie się czegoś więcej niż to co podane w protokole..
Opisuje właściwy sposób użycia technik kryptograficznych w celu zapewnienia bezpiecznego ich stosowania. Zwykle protokoły kryptograficzne dotyczą realizacji sposobu wymiany informacji z użyciem szyfrowania, w sposób uniemożliwiający przechwycenie informacji jawnej lub jakichkolwiek innych informacji – jak klucze lub np. informacja o tożsamości komunikujących się osób w trakcie pełnego procesu wymiany informacji. Zwykle w ramach jednego protokołu wykorzystuje się wiele technik kryptograficznych jak np. szyfr asymetryczny w celu bezpiecznej wymiany kluczy stosowanych podczas szyfrowania wiadomości szyfrem symetrycznym itp.