Po powrocie z wojny z Rosją Mori został mianowany naczelnym chirurgiem sztabu i szefem Wydziału Medycznego w Ministerstwie Armii. Wprowadził szczepienia przeciw durowi brzusznemu w armii japońskiej i powołał Komisję Badania Chorób Beri-beri. Jednocześnie prowadził swoją działalność literacką, a jego willa z widokiem na morze stała się centralnym punktem życia literackiego w Tokio. W tej fazie swojej twórczości Mori stworzył wiele krótszych tekstów, ale są one trudne do sklasyfikowania. W doskonałej prozie poruszał napięcia między sztuką, nauką i polityką oraz odnosił się do doświadczeń społeczeństwa „w okresie przejściowym”.
Śmierć cesarza Meiji w 1912 roku doprowadziła wielu intelektualistów do przeorientowania swoich poglądów. Mori zwrócił się ku historii Japonii i zaczął pisać narracje historyczne, aby zbadać kondycję ludzką w przednowoczesnej Japonii. Był też autorem pierwszej z serii biografii historycznych, w których pojawili się konfucjańscy uczeni i lekarze. Jednocześnie nadal tłumaczył klasyczną i współczesną literaturę europejską. Tylko w 1913 roku ukazały się jego przełomowe przekłady Makbeta Szekspira, Nory Ibsena i obu części Fausta Goethego.