Powołane na etatach wojennych pododdziały wykorzystywano głównie do budowy fortyfikacji polowych na planowanych pododcinkach obrony przewidzianych dla 61 pp. Głównie na odcinku Nowa Dąbrówka-Osówiec-Kruszyn. 28 kwietnia I batalion dotarł do miejscowości Kruszyn, Pawłówek, Zielonczyn. Prowadził tam prace pomocnicze dla budowy umocnień. Prowadzono również szkolenie rezerwistów z nowymi typami broni wprowadzonymi w ostatnim okresie. W związku z zarządzoną mobilizacją alarmową rozpoczętą rano 24 sierpnia 1939, oddziały ćwiczebne 61 pp zajęły stanowiska bojowe, jako oddziały osłonowe nad Kanałem Noteckim, w rejonie Pawłówka, Osówca i Szczutek.
24 sierpnia we wczesnych godzinach porannych 61 pułk piechoty rozpoczął mobilizację alarmową w Bydgoszczy w grupie niebieskiej, zmobilizowano: 61 pp w organizacji i na etatach wojennych, w czasie od A+18 do A+36, kompanię karabinów maszynowych przeciwlotniczych typ A nr 17, w czasie A+48, kolumnę taborową nr 811, w czasie A+48.
W Wyrzysku w grupie niebieskiej, zmobilizowano: 2 kompanię strzelecką batalionu piechoty typ specjalny nr 86, w czasie A+18.