ostatnią placówką sił wiernych Gamsachurdii stał się budynek parlamentu. 4 stycznia 1992 z tego właśnie obiektu, po jego podpaleniu przez oddziały opozycyjne, prezydent zbiegł do Armenii, a stamtąd do Czeczenii. Władza w Gruzji przeszła w ręce Rady Wojskowej. Zwiadziści wycofali się na obszar Megrelii, gdzie Gamsachurdia był powszechnie popierany. Z wojny domowej między Gruzinami skorzystali wówczas separatyści abchascy, ogłaszając w czerwcu 1992 niepodległość prowincji.

Gamsachurdia, przebywając w Czeczenii, nie pogodził się z odsunięciem od władzy. Nowe wybory parlamentarne w październiku 1992 i wybory przewodniczącego parlamentu (o kompetencjach de facto prezydenckich) uznał za nieważne i zaapelował do społeczności międzynarodowej o ich nieuznawanie.

Powrót do Gruzji Latem 1993 Gamsachurdia zdecydował się na powrót do kontrolowanej przez jego zwolenników Megrelii. Miał nadzieję na obalenie przewodniczącego parlamentu Eduarda Szewardnadze dzięki sprowokowaniu powstania narodowego i wykorzystanie faktu, że Szewardnadze zajmował się głównie próbą odzyskania kontroli nad Abchazją. Jesienią tego samego roku ofensywa wiernych mu wojsk osiągnęła Poti (2 października) i Samtredię (17 października). Szewardnadze na nowo uzyskał wtedy pomoc rosyjską.