Funkcja Hepcydyna jest bezpośrednim inhibitorem ferroportyny, białka które transportuje żelazo poza komórki je magazynujące. Ferroportyna jest obecna na enterocytach i makrofagach. Poprzez zahamowanie ferroportyny hepcydyna hamuje transport żelaza z enterocytów do systemu żyły wrotnej wątrobowej, w ten sposób redukując wchłanianie żelaza. Wyjście żelaza z makrofagów jest również blokowane poprzez zahamowanie ferroportyny. W ten sposób hepcydyna posiada kluczowe znaczenie dla homeostazy żelaza. Prowadzone są próby wykorzystania agonistów hepcydyny w leczeniu hemochromatozy, talasemii i czerwienicy.
thumb|center|500px|Rola hepcydyny w metabolizmie żelaza u ssaków
Kilka rodzajów mutacji w hepcydynie doprowadza do rozwoju hemochromatozy młodzieńczej, aczkolwiek za większość przypadków tej choroby odpowiedzialne są mutacje w genie hemojuweliny, regulatora produkcji hepcydyny.
Przeciwgrzybicza aktywność hepcydyny jest dość jasno wyrażona, czego nie można powiedzieć o aktywności przeciwbakteryjnej. Nowe doniesienia naukowe wskazują, że hepcydyna jest hormonem o kluczowej roli w regulacji homeostazy żelaza.