Gatunek ten zamieszkuje różnorodne środowiska i ma duże zdolności adaptacyjne. W lasach pierwotnych jest zwykle rzadki, chyba że żyje w nich niewiele rodzimych gryzoni, jak na Negros w Filipinach. W Azji występuje w suchych lasach tropikalnych i subtropikalnych, oraz w lasach mangrowych. Jest spotykany w środowisku zaburzonym i przekształconym przez ludzką działalność. Wchodzi do domów, spichlerzy i na plantacje. Zwykle jest spotykany do 1000 m n.p.m.
Zasiedlenie Polinezji Szczur polinezyjski nie potrafi pływać na dłuższych dystansach i dlatego jest uważany za znamienny wskaźnik migracji ludności na obszarze Pacyfiku, jako przypadkowo zawleczony lub celowo introdukowany na wyspy, które zostały zasiedlone. Gatunek ten miał udział w wyginięciu wielu zwierząt wysp Pacyfiku, w tym rodzimych gatunków ptaków i owadów, albowiem gatunki te ewoluowały przy jednoczesnym braku ssaków i nie radziły sobie z presją drapieżnictwa wywieraną przez szczury. Gryzonie także zjadają nasiona, owoce i liście roślin, przyczyniając się do przekształcania środowiska. Zasugerowano, że szczur ten mógł odegrać rolę w całkowitym wylesieniu Wyspy Wielkanocnej poprzez zjadanie orzechów tamtejszych palm Paschalococos disperta, co uniemożliwiło proces odradzania się lasu.