Zenon Kowalowski należy także do grona cenionych twórców muzyki teatralnej i filmowej. Jest autorem muzyki do kilkunastu sztuk teatralnych i do ponad 150 filmów krótkiego i średniego metrażu. Filmy z jego muzyką prezentowane były na Śląskiej Trybunie Kompozytorów, a także podczas Śląskich Dni Muzyki Współczesnej w Katowicach, ponadto na różnych festiwalach m.in.: Festiwalu Filmów Krótkometrażowych w Krakowie; Biennale Sztuki dla Dziecka w Poznaniu – gdzie na V Biennale w 1981 otrzymał Nagrodę Specjalną za muzykę filmową dla dzieci; Ogólnopolskim Festiwalu dla Dzieci i Młodzieży (Poznań 1986); Festiwalu Sztuki Filmowej Celuloid, Człowiek, Cyfra we Wrocławiu (2007) i w Katowicach (2008). Jego muzyka prezentowana była również na wielu festiwalach międzynarodowych.
W latach 1980–2000 związany był stałą współpracą z Instytutem Muzyki na Wydziale Artystycznym Uniwersytetu Śląskiego w Cieszynie, gdzie jako wykładowca prowadził zajęcia z instrumentacji, aranżacji muzycznej i kompozycji. Od 1992 do 2007 współpracował z prywatną Szkołą Muzyki Rozrywkowej Nice Noise w Katowicach w charakterze wykładowcy przedmiotów teoretycznych.