Ambrosius Jung poświęcał się również badaniom nad dżumą. Wyniki swoich badań ogłosił w 1535 publikując: Ain nutzliche trostliche und kurtze underrichtung, wie man sich in disen schwären leüffen der Pestilentz halte(n) soll ... dem gemainen mann zu hilff und gutem, der mit andern beystand hat, verordnetviaLibri ~ Ain nutzliche trostliche und kurtze underrichtung – Jung, Ambrosius – 1535.. W dziele tym zalecał szczególne środki ostrożności aby uniknąć epidemii (m.in.: higienę osobistą oraz okadzanie i palenie tytoniu).
Wkrótce też ogłosił u Peutingera Remedia manuscripta pro catarrho et angustiis thoracis, pracę polemiczną z tezami Paracelsusa, którego w 1536 poznał osobiście.
Przyjaźnił się również z Andreasem Vesaliusem, z którym utrzymywał częste kontakty. Lekarze wielokrotnie rozwiązywali problemy medyczne, wspólnie leczyli najzamożniejszych przedstawicieli augsburskiego patrycjatuhttp://www.bium.univ-paris5.fr/ishm/vesalius/VESx2000x06x01x020x031.pdf H.L Houtzage Andréas Vesalius and the Occo Medals of Augsburg. Evidence of a professional frîendshîp, VI, 1, 20-31, 2000. s.