W Tatrach sięga do rzędnej 1235 m n.p.m., a w Beskidach Pokuckich do 1370 m n.p.m.
Rośnie zwykle na glebach świeżych lub umiarkowanie suchych, ubogich, gliniastych, piaszczystych i żwirowych. Obecność tego gatunku świadczyć ma o przynajmniej powierzchniowo kwaśnym odczynie gleby. Według niektórych źródeł gatunek nie toleruje węglanu wapnia w podłożu, ale też np. na Wyspach Brytyjskich często podawany jest z muraw na podłożu wapiennym. Nawożenie łąk i pastwisk powoduje ustępowanie tego gatunku z powodu konkurencji silniej rosnących traw i innych roślin. Ekstensywny wypas zwierząt i zgryzanie silnie rosnących traw jest istotnym warunkiem utrzymywania się tego gatunku na wydmach nadmorskich.
Liście krzyżownicy zwyczajnej są minowane przez larwy Liriomyza polygalae (miniarkowate) i bywają porażane przez Ramularia polygalae (grzyby niedoskonałe).