Na przełomie 2009 i 2010 r. TTP nawiązało formalną współpracę z Al-Kaidą, wspierając ludźmi, bronią i sprzętem afgańskich pobratymców mułły Muhammada Umara. Mimo, iż armia ogłosiła wiele sukcesów podczas takich operacji antytalibskich, jak Rah-e-Nijat w Południowym Waziristanie, Bia Daralam w Chajber, Khwakh Ba De Sham w Orakzai czy Koh-e-Sufaid w Kurram, to talibowie za rządów Hakimullaha kontrolowali faktycznie niemal całe obszary Terytoriów Plemiennych Administrowanych Federalnie (FATA) oraz sąsiedniej prowincji Chajber Pasztunchwa. Formalnie obowiązywała tam administracja podległa władzom z Islamabadu, jednak największe wpływy mieli partyzanci.
Mehsud zmienił politykę ugrupowania wobec szyitów i chrześcijan. Baitullah Mehsud zakładał nieatakowanie pakistańskich chrześcijan i traktowanie ich raczej, jako źródła potencjalnego znacznego dochodu dla przyszłego kalifatu, przez opodatkowanie. Hakimullah, kierując się ideologią Al-Kaidy, przeprowadzał liczne krwawe ataki i zamachy na innowierców, dążąc do ich wyeliminowania.