Po agresji radzieckiej na Polskę w 1939 roku dokonano powiększenia BSRR o obszar tzw. zachodniej Białorusi (dawne polskie województwa: nowogródzkie, białostockie, poleskie bez części południowej, część wileńskiego i warszawskiego), na której utworzono obwody: brzeski, piński, baranowicki, wilejski i białostocki. W składzie Białoruskiej SRR znalazły się ziemie etnicznie polskie, m.in. rejon Łomży i znaczna część Wileńszczyzny z ludnością mówiącą w języku polskim. W 1940 roku na mocy porozumienia z Litewską SRR Białoruska SRR utraciła na rzecz Litwy Druskieniki i Święciany.
W latach 1941–1944 terytorium które obejmowała Białoruska SRR było okupowane przez wojska niemieckie, które dokonały kolejnego podziału republiki – dawne województwo białostockie znalazło się na terenie Prus Wschodnich, Polesie włączono do Komisariatu Rzeszy Ukraina, wschodnią Wileńszczyznę do Litwy, resztę terytorium Białoruskiej SRR podzielono natomiast na dwa obszary:
znajdujący się pod niemiecką administracją cywilną (rejony Mińska, Borysowa, Bobrujska, Lidy, Nowogródka i Baranowicz) podlegający niemieckiej komendanturze wojskowej (reszta wschodniej części kraju, w tym m.in. Smoleńsk, którego burmistrzem został Radosław Ostrowski).