Scheiner przybył do Nysy w 1622 r. i 23 kwietnia 1623 r., w miejscu, gdzie dzisiaj znajduje się Szkoła Muzyczna (dawne seminarium św. Anny), powstało pierwsze, prowadzone przez jezuitów na Śląsku gimnazjum katolickie. Po pobycie w Rzymie (do 1633 r. wykładał w Collegium Romanum) i Wiedniu w latach 1624–1637 Scheiner powrócił do Nysy, gdzie spędził ostatnie 13 lat życia. Zmarł w dniu 18 lipca 1650 na apopleksję (wylew krwi do mózgu) i został pochowany w Nysie. Nie udało się ustalić miejsca jego pochówku. Być może został pochowany w kościele, na miejscu którego stoi obecnie kościół pw. Wniebowzięcia NMP, wybudowany w latach 1688–1692.
Skonstruował w 1603 pantograf, dzięki któremu można kopiować linie lub obrazy w powiększeniu lub zmniejszonej skali. W pokoju na wieży kościoła Świętego Krzyża w Ingolstadt, który służył jako obserwatorium, zauważył w 1611 po raz pierwszy plamy na Słońcu oraz określił okres rotacji Słońca. Swoich odkryć dokonał niezależnie od Galileusza. Opisał je w dziele Rosa Ursina sive sol wydanym w Rzymie w latach 1626–1630. W Ingolstadt w 1614 roku stworzył pierwszą mapę księżyca. Odkrył powstawanie na siatkówce oka obrazu widzianego przez człowieka, opisał też reakcję źrenicy oka na światło oraz akomodację oka. Jako pierwszy opisał kataraktę. Zbudował również model oka, który wykonał ze szkła.