Wakat na tym stanowisku trwał do 1947.
25 czerwca 1947 Joseph Hlouch został nominowany na biskupa budziejowickiego. Zastał on diecezje w fatalnej sytuacji spowodowanej z jednej strony wyniszczeniem ludności przez hitlerowców, a z drugiej strony obecną sytuacją po dojściu do władzy komunistów. Rozkradali oni majątki kościelne, likwidowali kościelną prasę i szkoły. Księża byli więzieni i zastraszani, w tym biskup Hloucha, który w latach 1950–1968 miał uniemożliwiane przez organy państwowe możliwości sprawowania urzędu. M.in. w latach 1950–1963 został bezprawnie internowany. Po jego śmierci w 1972 roku reżim komunistyczny aż do swojego upadku uniemożliwiał mianowanie nowego biskupa (następca Hloucha mianowany został dopiero w 1990).
31 maja 1993 odłączono część terytorium diecezji. Parafie te weszły w skład nowo powstałej diecezji pilzneńskiej.
Biskupi Czeskich Budziejowic
Biskup diecezjalny: bp Vlastimil Kročil biskup pomocniczy: bp Pavel Posád