Schizma husytów thumb|Herb archidiecezji Rozprzestrzenienie husytów spowodowało kryzys w archidiecezji. Arcybiskup praski Konrád z Vechty w 1421 przeszedł na husytyzm. W kwietniu 1421 przyjął Cztery artykuły praskie czym zraził do siebie kapitułę katedry praskiej. Wypowiedziała mu ona posłuszeństwo i zdjęła z urzędu. Powołano praskiego administratora diecezjalnego, którym został biskup ołomuniecki, Jan Železný. Arcybiskup nie podporządkował się jednak decyzji o sekularyzacji i zaczął wyświęcać utrakwistycznych księży, co zakończyło się jego ekskomuniką w 1426.
Po schizmie Konráda z Vechty arcybiskupstwo praskie w latach 1421–1561 pozostawało formalnie nie obsadzone. Rolę naczelnego organu sądowo-administracyjnego dla Kościoła rzymskokatolickiego w Czechach na ten czas pełniła kapituła katedry praskiej.
W 1474 diecezja Litomyśl została zlikwidowana, a jej terytorium powróciło do archidiecezji praskiej.
Rozwój Kościoła w Czechach W 1627 arcybiskupom praskim przyznano szerokie uprawnienia kościelne i tytuł prymasa.
3 lipca 1655 na terytorium biskupstwa powstała diecezja litomierzycka, a 10 listopada 1664 diecezja hradecka.
W 1729 w Pradze odbyły się wielkie uroczystości kanonizacyjne Jana Nepomucena, patrona Czech.
20 września 1785 odłączyła się część arcybiskupstwa, na której powstała diecezja czeskobudziejowicka.