W 1855 ożenił się z Joanną Bilińską. W 1860, w czterdziestym drugim roku życia, stracił wzrok. Mimo tego kalectwa i innych nękających go chorób Szajnocha w miarę możliwości pracował bez przerwy. Słuchał lektora i dyktował, ale również pisał samodzielnie, posługując się opracowanym przez siebie prostym przyrządem. W ostatnich latach życia nie mógł już pisać, gdyż reumatyzm obezwładnił mu najpierw nogi, a następnie ruchy ramion, tak iż z trudem mógł kreślić ołówkiem na papierze tylko nieczytelne znaki. Zmarł 10 stycznia 1868; został pochowany na cmentarzu ŁyczakowskimA. Wierzbicki, Poczet historyków polskich. Historiografia polska doby podzaborowej, Poznań 2014, s 67-68..
Największe jego dzieło to Jadwiga i Jagiełło, którego pierwsze, trzytomowe wydanie ukazało się we Lwowie w latach 1855–1856, a drugie, czterotomowe ze Wstępem – które autor uznał za jedyne poprawne – w 1861. Wrażenie, jakie to dzieło wywarło, i jego poczytność były niezwykłe. Czytali je z zainteresowaniem, a niekiedy wprost z zachwytem zarówno ludzie uczeni, jak i najszersze koła mniej wyrobionych odbiorców. Popularność Szajnochy na niwie historii przypominała popularność Henryka Sienkiewicza na niwie literackiej.