19 września 1940 roku zatrzymany w łapance na ulicach Warszawy, został wywieziony do niemieckiego obozu koncentracyjnego Auschwitz (nr 4267), z którego jednak został zwolniony po 10 miesiącach. Cechował się dużą śmiałością w planowaniu działań polskiego ruchu oporu, odwagą i przebiegłością. Widać to było szczególnie w akcjach związanych z organizacją konspiracyjnej produkcji broni, Antoni Kocjan na podstawie fałszywych dokumentów zamawiał części do broni dla AK w niemieckich warsztatach. W podziemiach jego warsztatów szybowcowych (w rejonie skrzyżowania ul. Wawelskiej i al. Niepodległości) działała drukarnia W-4 Tajnych Wojskowych Zakładów Wydawniczych, wykryta przez Niemców 1 czerwca 1944. Wniósł duży wkład w rozpoznanie niemieckiego ośrodka badań rakietowych w Peenemünde oraz rozpracowanie wywiadowcze pocisków rakietowych V-2. Części V-2 i własne analizy miał dostarczyć do Londynu w ramach operacji „Most III”.
2 czerwca 1944 roku został wraz z żoną przypadkowo aresztowany i uwięziony na Pawiaku. Był torturowany przez Gestapo w al. Szucha 25. Zamordowany 13 sierpnia 1944 r.