15 września 2008 Zgromadzenie Narodowe przyjęło plan zorganizowania wolnych i uczciwych wyborów w ciągu 12-14 miesięcy, wyznaczając ich datę graniczną na koniec 2009 roku„Reactions Are Mixed After Mauritania Election Date Announcement”, VOA News, 15 września 2008.. W styczniu 2009 media państwowe ogłosiły, iż nowe wybory prezydenckie zostały zaplanowane przez Radę Narodową na 6 czerwca 2009„Mauritanian junta plans elections on June 6”, AFP, 23 stycznia 2009.. W kwietniu generał Abd al-Aziz zrezygnował z funkcji przewodniczącego Rady Państwa, by wziąć udział w wyborach, VOA News, 16 kwietnia 2009..
Ostatecznie, po wypracowaniu porozumienia z opozycją, wybory prezydenckie odbyły się 18 lipca 2009. Zdecydowane zwycięstwo w nich odniósł Muhammad uld Abd al-Aziz, zdobywając 52,6% głosów. Opozycja odrzuciła wyniki wyborów, uznając je za „prefabrykowane” oraz wezwała społeczność międzynarodową do wszczęcia dochodzenia w sprawie uczciwości przebiegu procesu wyborczego. Międzynarodowi obserwatorzy z Unii Afrykańskiej i Ligi Państw Arabskich nie stwierdzili jednak żadnych oszustw wyborczych, France24, 20 lipca 2009.„Junta leader declared Mauritania president”, AFP, 20 lipca 2009..