Protestanci w 1831 zamurowali w fasadzie nisze przeznaczone dla figur świętych, dodali sygnaturkę, usunęli ołtarze a dodali empory. Po I wojnie światowej kościół przejęli ponownie katolicy. Przeprowadzono wtedy remont pod kierunkiem Mariana Andrzejewskiego i pod nadzorem Witolda DalboraMagdalena Jarzewicz, Ochrona zabytków w międzywojennym Poznaniu, w: Kronika Miasta Poznania, nr 3–4/1993, s. 256, ISSN 0137-3552, m.in. rozebrano empory. W latach 1934–1939 świątynia ponownie przejęła na siebie funkcję kościoła garnizonowego.
W 1945 świątynia została ponownie przejęta przez karmelitów bosych, którzy w 1950 ukończyli odbudowę zniszczonej podczas walk o Cytadelę świątynię przywracając jej barokowy wygląd. Odbudowa trwała przez ponad 20 lat. W latach 1952–1993 klasztor był siedzibą Kolegium Filozoficznego dawnej Prowincji Polskiej. Od roku 1984 trwały tu prace nad całkowitą renowacją kościoła, którego poświęcenie odbyło się 19 marca 1990 r. Dnia 15 października 1990 r. przy klasztorze rozpoczął działalność Instytut Duchowości Carmelitanum. Od września 1993 roku w klasztorze poznańskim mieści się Wyższe Seminarium Duchowne Prowincji Warszawskiej. Od kwietnia 2006 r. kościół został podświetlony. Przy klasztorze ma także obecnie siedzibę Wydawnictwo Warszawskiej Prowincji Karmelitów Bosych Flos Carmeli.