W okresie konfederacji barskiej klasztor stał się ostoją dla jej żołnierzy. 29 listopada 1772 roku, podczas oblężenia przez wojska rosyjskie dowodzone przez generała Iwana Drewicza, zabudowania klasztorne zostały ostrzelane z armat; a ich część uległa spaleniu. Obrona klasztoru w Zagórzu była ostatnią bitwą konfederacji barskiejJerzy Tarnawski, w: Verbum nr 1(49) z 2008 r., Echa Konfederacji Barskiej nad Osławą.
Pod austriackim zaborem 1772–1822 Po pożarze i zniszczeniach zakonnikom udało się odrestaurować konwent, jednakże prowadzona przez Austrię polityka józefinizmu nie pozwoliła na powrót do dawnej jego świetności. W klasztorze znajdował się tzw. dom poprawczy dla zakonników-demerytów.
W 1786 r. notował Ewaryst Andrzej, hr. Kuropatnicki w swym "Opisaniu królestw Galicyi i Lodomeryi": Zagórze. Wieś (...) sławna klasztorem XX. Karmelitów bosych od Stadnickich fundowanym i kościołem, w którym groby domu tegoż. W tym kościele pochowana JW. ze Stadnickich hrabina Ossolińska, wojewodzina wołyńska, ostatnia z domu Stadnickich dziedziczkaEwaryst Andrzej Kuropatnicki: "Geografia albo dokładne opisanie królestw Galicyi i Lodomeryi", Przemyśl 1786, s.