Druga próba odbudowy Po przejęciu tego obiektu przez gminę Zagórz, od 2000 roku trwały systematyczne prace mające na celu zabezpieczenie niszczejącego zabytku. Oczyszczono mury kościoła i klasztoru z drzew i krzewów, położone prowizoryczne nakrycie na szczytach murów, uporządkowano teren wokoło. Ponownie ustawiono na kamiennym postumencie przed kościołem figurę Matki Boskiej z Dzieciątkiem. Udało się też odbudować dwie, częściowo zrujnowane baszty; nie ukończono jednak górnych – najbardziej efektownych – części wież, tzw. oktagonów. Wkrótce jednak z braku pieniędzy oraz utraty zainteresowania wśród lokalnych decydentów prace przerwano. Zagórski karmel ponownie popadł w ruinę.
Ruiny klasztoru – aktualnie Aktualnie miejsce to jest w pełni przystosowane do przyjmowania turystów. Wokół ruin klasztoru utworzono ogród ze ścieżkami, na końcu którego postawiono tablice informujące o historii tego miejsca. Wewnątrz jednej z wież została utworzona platforma widokowa umożliwiająca wejście na szczyt ruin, z której podziwiać można przepiękną panoramę Zagórza i Gór Słonnych.