W tym samym czasie władze południowego Sudanu potwierdziły, że 7 czerwca 2008 roku w starciach z siłami Armii Bożego Oporu zginęło 14 żołnierzy sudańskichSudan says Uganda rebels kill troops, start „war”, Reuters, 7 czerwca 2008.
Operacja Siły wywiadu Ugandy oraz połączone armie Demokratycznego Konga, Ugandy i Południowego Sudanu rozpoczęły plany operacji militarnej skierowanej przeciwko rebeliantom. 14 grudnia 2008 roku połączone siły wojskowe rozpoczęły operację pod kryptonimem „Lightning Thunder”. Do 21 grudnia siły koalicji wyparły rebeliantów ze znacznej części terenów północnego Konga, a także zniszczyły ponad 70% obozów Lord's Resistance Army na terenie tego krajuUganda 'strikes LRA rebel camps.
W ciągu ostatnich dni grudnia siły rebelianckie zabiły ponad 400 cywilów, a ciał 271 z nich wciąż nie odnaleziono. Rebelianci dokonali masakr ludności cywilnej w okolicach Faradje, Duru, Gurba, Doruma i Province Orientale w północno-wschodnim regionie DRK. Caritas donosi również, że wiele okolicznych wsi spalono, a około 20 tysięcy ludzi w panice opuściło swe domy i ukryło się w głębi dżungli. Wydarzenia te określa się mianem masakr bożonarodzeniowych.