Przy szkole istniał internat dla młodzieży spoza Kłodzka. Mimo zezwoleń na nauczanie zgodnie z programem szkół średnich, szkoła nie była dobrze widziana we władzach oświatowych. Ataki na Theresianum nasiliły się w okresie nazistowskimKłodzko. Dzieje miasta, op. cit., s. 129.. Pod naciskiem funkcjonariuszy partyjnych część osób przeniosła swoje dzieci do innych szkół. Liczba uczennic zaczęła się drastycznie zmniejszać, a zakonnice w 1939 r. po raz drugi straciły prawo do prowadzenia szkoły. Na polecenie gestapo siostry musiały opuścić zajmowane budynki, które zostały zaadaptowane na biura gestapo, a ich willa, w której mieszkały przy szkole, na siedzibę powiatowego szefa NSDAPKłodzko. Dzieje miasta, op. cit., s. 130..
Liceum Pedagogiczne im. Tadeusza Kościuszki Tuż po zakończeniu II wojny światowej (1946 r.) w przejętych przez państwo budynkach urządzono Liceum Pedagogiczne im. Tadeusza Kościuszki. Utworzenie takiego typu szkoły spowodowane było brakiem kadr nauczycielskich w szkołach niższego typu w powiecie kłodzkim. w latach 60. XX w. wobec rozwoju szkolnictwa średniego i wyższego zdecydowano się na likwidacje liceów pedagogicznych na rzecz rozwoju szkolnictwa zawodowego.