13 lipca 1942 na miejscowym cmentarzu prawosławnym Niemcy rozstrzelali 48 Polaków spośród miejscowych księży i inteligencji, ofiary przed śmiercią wiązano drutem kolczastymWłodzimierz A. Gibasiewicz: Lekarze weterynarii ofiary II wojny światowej. Wyd. Bellona Warszawa 2011, s. 120–121. .. Miasto zostało ponownie zajęte przez Armię Czerwoną 6 lipca 1944 r.
Po 1945 roku Po opanowaniu Nowogródczyzny, Sowieci wznowili wywózki do Kazachstanu i na Syberię. W wyniku polsko-radzieckiej umowy z 16 sierpnia 1945 całe województwo nowogródzkie przeszło pod władanie Białoruskiej SRR.
W drugiej połowie lat 40. XX wieku partyjne władze Białoruskiej SRR utrudniały proces przesiedleń osób narodowości polskiej z Baranowicz do Polski w jej nowych granicach. Wprowadziły one pojęcie „osób urodzonych na terenie Białorusi”. Osoby takie automatycznie uznawano za etnicznych Białorusinów, tym samym odmawiając im prawa do decydowania o swojej przynależności narodowej ze względu na używany język czy wyznanie. W konsekwencji uniemożliwiało to ich ekspatriację. Polscy członkowie komisji mieszanej w Baranowiczach pisali w sprawozdaniu: