W lipcu 1944 cerkiew została spalona podczas działań wojennych. Całkowitemu zniszczeniu uległ dach i większość wyposażenia wnętrza, uszkodzeniu uległ ikonostas. Szybko przystąpiono jednak do odnowienia obiektu, a zniszczone ikony zastąpiono wizerunkami ze zniszczonej cerkwi z Szereszowa. W 1966, pod wrażeniem Soboru Watykańskiego II, w kleszczelowskiej cerkwi oraz w miejscowym kościele św. Zygmunta odbyły się nabożeństwa ekumeniczne, co było sytuacją wyjątkową w regionieM. Bołtryk, 45 lat w jednej parafii, „Przegląd Prawosławny”, nr 10 (292), październik 2009.. W 2009 obiekt został gruntownie wyremontowany.
Wewnątrz znajduje się ikona św. Mikołaja, uważana za cudotwórczą, pochodząca ze zniszczonej podczas I wojny światowej cerkwi pod tym wezwaniem. Według lokalnej tradycji ustnej powstała ona jeszcze w XV w., jednak badania konserwatorskie i historyczne nakazują uznać ją za zabytek z I połowy XVI w.. Była ona konserwowana i częściowo przemalowana (jednak bez zmian w kompozycji zarówno całości, jak i poszczególnych scen) po konwersji kleszczelowskiej parafii na prawosławie w 1839. Wizerunek ukazuje św. Mikołaja frontalnie, całopostaciowo, w ceremonialnym stroju biskupim tradycji greckiej z czarnymi krzyżami na białym tle, z księgą i czerwoną chustą w dłoniach.