Do dziś spoczywają w grobowcu w Tempio Malatestina, a nagrobna inskrypcja głosi: Szczątki Gemistosa Bizantyńczyka, Księcia Filozofów swoich czasów.

Reakcja na twórczość Pletona poszła w kilku kierunkach. Jego główny przeciwnik w Bizancjum mnich Gennadiusz Scholar został przez sułtana Mehmeda II wybrany patriarchą Konstantynopola. Jako głowa Kościoła bizantyńskiego potępił wyraźnie antychrześcijańską, zmierzającą do odrodzenia religii pogańskiej filozofię Pletona. Nakazał skonfiskować i spalić wszystkie egzemplarze jego głównego dzieła Prawa. Sam w opozycji do Pletona, rozwijał teologię w oparciu o filozofię Arystotelesa. Jeden z uczniów Pletona, Juwenalis, który jeszcze przez Jana VIII został za antychrześcijańskie poglądy wygnany z Konstantynopola, na Peloponezie stracił język i prawą rękę, a w końcu został strącony ze skały. Zanim los jego tragicznie się dopełnił nazwał siebie męczennikiem pierwszej zasady rządzącej rzeczywistością. We Włoszech uczniowie Pletona Bessarion i Jan Argiropul starali się wbrew swemu nauczycielowi wykazać, że Platon i jego doktryna nie tylko nie są z chrześcijaństwem sprzeczne, ale prowadzą do niego i wiele z prawd chrześcijańskich faktycznie już głoszą.