Podczas wydarzeń praskiej wiosny przebywał na urlopie w Jugosławii, skąd poleciał do Nowego Jorku, by wbrew instrukcjom prezydenta Ludvíka Svobody skrytykować postępowanie ZSRR. Skutkiem wystąpienia 9 września 1968 podał się do dymisji.
Po 1968 Po ustąpieniu z funkcji szefa MSZ pracował w Instytucie Historii Czechosłowackiej Akademii Nauk a także jako wykładowca na Uniwersytecie Karola. W sierpniu 1969 został kierownikiem Instytutu Politologii Akademii Nauk. We wrześniu 1969 roku zrezygnował z członkostwa w KPCz, a w marcu 1970 roku został oficjalnie z niej usunięty. W 1973 został zwolniony z Instytutu Historii, przeszedł na emeryturę i przestał udzielać się publicznie. Zajął się głównie studiowaniem kwestii ONZ. Mimo emerytury spotykał się opozycjonistami Františkiem Krieglem, Gertrudą Sekaninovą-Čakrtovą, Zdenkiem Mlynářem, Františkiem Vodsloňem i Josefem Smrkovskim. W 1975 roku obserwował obrady Konferencji Bezpieczeństwa i Współpracy w Europie. Jesienią 1976 roku został pobity przez nieznanych sprawców.