W latach 1972–1984 był równolegle zastępcą naczelnego dowódcy Zjednoczonych Sił Zbrojnych Państw Stron Układu Warszawskiego. Od maja 1968 był zastępcą przewodniczącego Rady WF i Sportu MONPlenarne posiedzenie Rady WF i Sportu MON, "Żołnierz Wolności", nr 127, 30 maja 1968, s. 2.. Następnie piastował funkcję przewodniczącego Rady Wychowania Fizycznego, Sportu i Turystyki MON.
W 1981 wszedł w skład Wojskowej Rady Ocalenia Narodowego (WRON), która administrowała krajem w okresie stanu wojennego. W lutym 1986 odwołany ze wszystkich stanowisk. Do czasu przeniesienia w stan spoczynku (18 marca 1988) pozostawał w dyspozycji Ministerstwa Obrony Narodowej.
W latach 1971–1986 zastępca członka Komitetu Centralnego PZPR. Od sierpnia 1981 wchodził w skład Komisji Międzynarodowej Komitetu Centralnego PZPRSkład Komisji Komitetu Centralnego PZPR, "Trybuna Ludu", nr 189, 14 sierpnia 1981, s. 3.. W 1974 roku powołany w skład Rady Naczelnej ZBoWiD.
Z ujawnionych w grudniu 2008 raportów płk. Ryszarda Kuklińskiego dla CIA wynika, że w okresie kryzysu władzy komunistycznej w Polsce w latach 1980–1981 Eugeniusz Molczyk reprezentował opcję nastawioną na siłowe starcie z „Solidarnością”.
Pochowany na cmentarzu Powązki Wojskowe w Warszawie (kwatera FII-3-8)Wyszukiwarka cmentarna - Warszawskie cmentarze.