W 1866 sama miejscowa społeczność prawosławna zdecydowała jednak, by w ramach remontu wykonać także wymianę dachu, skonstruowanie deskowego sufitu oraz malowanie całego budynku. W tym samym roku opracowano kosztorys prac i uzyskano rządową dotację na całą przedstawioną kwotę – 3174 ruble i 59 kopiejek. W 1872 stwierdzono, że pierwotna kwota była niewystarczająca, a na remont potrzebne było dalsze 1657 rubli. Koszty te mieli opłacić parafianie, dopuszczono jednak, by w przypadku niemożności zgromadzenia tych funduszy wspólnota ubiegała się o kredyt w Ministerstwie Spraw Wewnętrznych. Ponieważ jednak na początku lat 70. XIX w. ludność w Boćkach i okolicach zubożała na skutek pożarów i pomoru bydła, parafianie od razu wystąpili o taki kredyt, poręczając go własnym majątkiem.
Pierwszy plan przebudowy świątyni opracował architekt Grosman, jednak jego pracę uznano za nieudolną i zamówiono drugi projekt u Leonarda Krzyżanowskiego, cywilnego architekta gubernialnego. Opracował on dwie propozycje przebudowy cerkwi. Pierwszy wariant zachowywał pierwotny charakter obiektu, zakładał jedynie zwieńczenie wież cebulastymi kopułkami i powiększenie oraz zmianę kształtu okien. Proponowane zmiany uznano za zbyt mało radykalne i projekt odrzucono.