Zmianom prawnym towarzyszyła odbudowa i rozwój instytucji kościelnych. W 1993 roku reaktywowano działalność diakonijną Kościoła, a sześć lat później Diakonia Kościoła uzyskała osobowość prawną. Rozwijano działalność charytatywną, opiekuńczą, edukacyjną i rehabilitacyjną.
Odbudowywano również instytucje związane z życiem społecznym i publicznym Kościoła. Po 45 latach przerwy, w 1995 roku, reaktywowano Ewangelickie Duszpasterstwo Wojskowe, nawiązujące do tradycji ewangelickiego duszpasterstwa wojskowego działającego w II Rzeczypospolitej. Rozwijało się także Polskie Towarzystwo Ewangelickie, które jeszcze w 1983 roku rozszerzyło działalność z Poznania na cały kraj, a w III Rzeczypospolitej rozwijało sieć oddziałów i działalność społeczno-kulturalną.