Ród wywodzi się od Kamatariego Fujiwary (Kamatari Nakatomi, 614–669). Fujiwarowie nigdy nie byli władcami, ale realną władzę osiągnęli poprzez wżenianie swoich córek w rodzinę cesarską i pilnując, aby synowie żon Fujiwara zostawali cesarzami. Ponadto, stworzyli oni stanowiska sesshō i kampaku (regenta i kanclerza) działających jako doradcy cesarza i w jego imieniu. W rzeczywistości stali się więc silniejsi niż władcy, którymi kierowali. Stosowali także system doprowadzania cesarzy do abdykacji (system insei, „cesarza w stanie spoczynku”, „rządy cesarza z klasztoru”), tak aby ich dzieci mogły przejmować tron. Umożliwiało im to rządzenie właśnie jako regenci w imieniu młodego cesarza.
Jedną z najważniejszych postaci klanu był Michinaga Fujiwara, który został jego przywódcą (uji no chōja) w 995 roku. Podczas swoich 30 lat rządzenia ożenił cztery córki z czterema cesarzami i miał czterech cesarzy jako wnuków. Był to szczytowy okres (966–1027) tak silnych rządów, że Michinaga mógł stwierdzić w swoim słynnym wierszu: „Gdy się tak zastanowić, ten świat jest mój;