Chociaż prezydentem Korei Południowej oficjalnie był Choi Kyu-ha, realna władza znalazła się jego w rękach, zwłaszcza że w kwietniu 1980, został dyrektorem Koreańskiej Centralnej Agencji Wywiadowczej.
W maju 1980 przez Koreę przetoczyła się fala protestów przeciwko wojskowej dyktaturze. W odpowiedzi na nie, 17 maja ogłosił stan wojenny, a następnie brutalnie stłumił protesty studentów w Gwangju.
16 sierpnia 1980 prezydent Choi Kyu-ha ustąpił z urzędu i 27 sierpnia Chun Doo-hwan został wybrany nowym prezydentem. Trwający nadal stan wojenny pozwolił mu na przeforsowanie konstytucji wzmacniającej władzę prezydenta.
9 października 1983, podczas wizyty Chun Doo-hwana w Rangunie w Birmie, agenci Korei Północnej przeprowadzili nieudany zamach na jego życie. Eksplozja jednej z trzech bomb, umieszczonych w dachu mauzoleum, które zwiedzała południowokoreańska delegacja, zabiła 21 osób, w tym przedstawicieli rządu Korei.