Jedną z cech odróżniających Miragaia od innych stegozaurów jest długa szyja – składała się ona z co najmniej siedemnastu kręgów – więcej niż u większości zauropodów. Inną cechą analogiczną pomiędzy zauropodami a Miragaia longicollum jest połączenie żeber i kręgów. Opisany przez Mateusa i współpracowników osobnik (ML 433) jest jednym z najbardziej kompletnych znanych europejskich stegozaurów i pierwszym, którego kości czaszki odnaleziono.
Miragaia została uznana za takson siostrzany do Dacentrurus armatus, wraz z którym tworzy klad Dacentrurinae, nazwany przez Mateusa, Maidment i Christiansena i według ich definicji obejmujący wszystkie stegozaury bliżej spokrewnione z Dacentrurus armatus niż ze Stegosaurus armatus. Klad ten jest taksonem siostrzanym do Stegosaurus. Analizy te stoją w sprzeczności z niektórymi wcześniejszymi badaniami, klasyfikującymi dacentrura jako bazalnego stegozaura i stwierdzają, że Miragaia i Dacentrurus były bardziej zaawansowane.
Z badań Costy i Mateusa (2019) wynika bliskie pokrewieństwo Miragaia longicollum z północnoamerykańskim gatunkiem