Podobna sytuacja miała miejsce trzy lata później i była związana z głośnym bojkotem TPSP, które nie przyjmowało na wystawy dzieł młodych artystów (szczególnie z grupy „Kapistów” i ówczesnej awangardy abstrakcyjnej). Działalność TPSP przerwał wybuch wojny, a Pałac Sztuki został zarekwirowany przez władze niemieckie. Po wojnie restytuowano Towarzystwo. Jego prezesami zostali: prof. Franciszek Walter, prof. Tadeusz Dobrowolski a w końcu prof. Karol Estreicher, który przez 25 lat kierował instytucją. Po jego śmierci prezesem został Ignacy Trybowski (1984–1994), a następnie w latach 1994–1996 – prof. Kazimierz Nowacki. Od roku 1996 towarzystwem kieruje Zbigniew Kazimierz Witek, były członek Rotary International Kraków.
Prezesi
Wiceprezesi
Pierwsza dyrekcja (1854)
Druga dyrekcja (1858)
Kryzys w latach 1926/1927
Kryzys po samobójstwie Schroedera (1934) Jan Krzyżanowski (1934–1938) Mieszko Jabłoński (1934–1946) Tadeusz Seweryn (1934–1975) Stanisław Kramarczyk (1934–1939) Tadeusz Szydłowski (1935–1937) Jan Glatzel (1935–1936) Tadeusz Piotrowski (1936–1938) Tadeusz Rogalski (1936–1938) hr. Edward Tyszkiewicz (1936–1937) Marcin Samlicki (1937–1939) hr.