W późniejszym okresie do składu flotylli doszły morskie kanonierki „Христофор”, ”Сосиэте”, „Эльпидифор”, „Nr 1", „Nr 2" i „Nr 3". Ze stanu flotylli spisano parochody „Цымла” i „Вольный казак” oraz kutry „Генерал Бакланов” i „Ворон”. Prawdopodobnie utworzono też dywizjon hydroplanów. Statki flotylli wspierały działania wojenne Armii Dońskiej. Rzeczne parowce zasłużyły się szczególnie podczas walk o stanice Cymlianskaja i Niżnie-Kurmojarskaja. Natomiast morskie kanonierki transportowały z portów krymskich i rumuńskich działa, samoloty i inne uzbrojenie wraz z wyposażeniem wojskowym. Pod koniec lutego 1919 flotylla została zreorganizowana. Podzielono ją na pięć dywizjonów: trzy rzeczne i 2 morskie: 1 dywizjon: „K-1”, „K-2 Донец”, „K-3” i „K-4 Кубанец”, 2 dywizjon: „K-5”, „K-6 Богатырь”, „K-7”, „K-8 Ростов” i parochod holowniczy, 3 dywizjon: „K-9 Каледин”, „K-10 Ваня”, „K-11 Гельвеция” i „K-12 Амалия”, 4 dywizjon: „К-14 Амур”, „К-15 Парамонов”, „K-16”, „K-17” i parochod holowniczy, 5 dywizjon: „К-18 Колхида”, „К-19 Донские гирла” i „К-20". W maju tego roku przeszła kolejną reorganizację, w wyniku której liczba dywizjonów wzrosła do ośmiu. 9 maja została nazwana „Morskimi i Rzecznymi Siłami Donu”, które składały się z Oddziału Morskiego, Oddziału Rzecznego i Flotylli Transportowej.