Sama Góra Świętej Anny jest wynikiem innych zjawisk. Pod koniec trzeciorzędu, ok. 27 mln lat temu (w paleogenie) powstał tu wulkan w wyniku alpejskich ruchów górotwórczych. Utwory triasowe były jeszcze wówczas przykryte warstwą skał kredowych i to one tworzyły podstawę wulkanu. Erupcji towarzyszyły wyrzuty tufów i brekcji. Stożek wulkaniczny składał się z naprzemianległych warstw lawy i tufu. Po zakończeniu aktywności pusta komora zawaliła się pod ciśnieniem otaczających skał. Znaczna część wulkanu zapadła się, tworząc kalderę. Bloki nefelinitu, tufu oraz skał, które były podstawą wulkanu, wpadły w głąb Ziemi, nawet kilkadziesiąt metrów poniżej ówczesnego poziomu terenu. Z czasem resztki stożka z kalderą zaczęły niszczeć pod wpłem erozji. Ostatecznie erozja zniszczyła całą górę wulkaniczną, odsłaniając skały triasowe, które do dziś ulegają powolnej erozji. Dzisiejsza stroma góra, na której wierzchołku stoi klasztor franciszkański, to komin wulkaniczny, który był odporniejszy na erozję od otaczających skał (to tzw. twardzielec). Na terenie rezerwatu poprzez działalność dawnego kamieniołomu zostały jednak odsłonięte fragmenty dawnego wulkanu, zapadnięte skały, dlatego dziś można zobaczyć bloki skał kredowych, tufy i brekcje dawnego stożka.