31 lipca w kościele Il Gesú Fiodorow, już wówczas myślący o zaangażowaniu się w katolicką działalność misyjną w Rosji, złożył wyznanie wiary. Ks. Ścisławski uzyskał dla siebie i Fiodorowa audiencję u Leona XIII, w czasie której papież wskazał młodemu konwertycie seminarium w Anagni jako najlepsze miejsce przygotowania do powrotu do ojczyzny. W 1905 Fiodorow otrzymał dyplom filozofii w tej szkole. W czasie studiów opiekował się nim również metropolita Ukraińskiej Cerkwi greckokatolickiej Andrzej Szeptycki. Pod wpływem jego oraz refleksji własnych Fiodorow zdecydował się na prowadzenie przyszłej pracy w Rosji w oparciu o obrządek bizantyjski jako trwale funkcjonujący w tradycji kulturowej kraju, a nie o obrządek łaciński.

W 1907 Fiodorow otrzymał dyplom bakałarza teologii i został przyjęty do rzymskiego Kolegium Propagandy Wiary. Za sprawą działań ambasady rosyjskiej we Włoszech, która starała się uniemożliwić mu powrót do kraju jeśli będzie nadal uczestniczył w życiu Kościoła rzymskokatolickiego, musiał już w roku następnym opuścić Włochy i ukończyć magisterskie studia teologiczne we Fryburgu, gdzie mieszkał pod fałszywym nazwiskiem Antonio Cremona. W 1909 Fiodorow i osiadł czasowo w austriackim Lwowie, gdzie został profesorem w Instytucie Studytów, oczekując na dalsze polecenia z Rzymu i na ceremonię wyświęcenia na kapłana.