Rzecznik sił zbrojnych ogłosił jednak, że w kraju nie doszło do zamachu stanu, a wojsko respektuje porządek konstytucyjny, według którego funkcję tymczasowego szefa państwa, do czasu nowych wyborów prezydenckich, przejął przewodniczący parlamentu.
3 marca 2009 Pereira został oficjalnie zaprzysiężony na stanowisku szefa państwa i zobowiązał się do zorganizowania wyborów prezydenckich w ciągu przepisowych 60 dni. Zaapelował również do społeczności międzynarodowej o pomoc w celu stabilizacji kraju.
Ostatecznie wybory prezydenckie w Gwinei Bissau odbyły się 28 czerwca 2009. Pereira ubiegał się o nominację PAIGC, jednak w wewnętrznym głosowaniu 25 kwietnia 2009 został pokonany przez byłego prezydenta Malama Bacai Sanhę. 8 września 2009 Sanhá, po zwycięstwie w wyborach, objął oficjalnie stanowisko prezydenta kraju.
9 stycznia 2012 Raimundo Pereira po raz drugi przejął obowiązki szefa państwa po śmierci prezydenta Malama Bacaia Sanhy w Paryżu.
12 kwietnia 2012, po dokonaniu przez wojsko zamachu stanu, został aresztowany razem z kandydatem prezydenckim Carlosem Gomesem