Latinik polecił organizację Sztabu Wojskowego Gubernatorstwa właśnie Bobickiemu, którego poznał „szczęśliwym przypadkiem”, a po krótkiej rozmowie z nim miał odnieść wrażenie, iż Bobicki „posiada szybką orientację, bystrość, pogodę ducha i technikę w rozkazodawstwie”, a także „znajomość stosunków warszawskich”.
Sztab Gubernatorstwa odpowiadał za „opracowanie planu obrony i mobilizacji oraz organizację robót fortyfikacyjnych i utrzymywanie kontaktów z władzami cywilnymi”. Szef Sztabu był zastępcą gubernatora i odpowiadał przed nim za „wszystkie działania związane z obroną stolicy oraz utrzymaniem porządku i bezpieczeństwa publicznego”. Sztabowi podlegały Oddział Wojskowy oraz Oddział Bezpieczeństwa Publicznego. Organem pomocniczym szefa Sztabu była Kancelaria Ogólna odpowiedzialna za sprawy biurowe i personalne.
Poza tą strukturą znajdowali się dowódcy artylerii i inżynierii podlegli w zakresie swoich zadań bezpośrednio Gubernatorowi. W dyspozycji Gubernatora znalazł się generał Jan Wroczyński, specjalista robót inżynieryjnych.