Klasztor był samodzielną jednostką do 1433, kiedy został przejęty pod nadzór królewski – kolejni przełożeni byli od tej pory opatami komendatoryjnymi. W roku 1446 na terenie zabudowań wybuchł pożar, niszcząc dzwonnicę i część klasztornego kościoła, nie czyniąc jednak szkód w budynkach mieszkalnych. W tym samym okresie dokonano znaczącej redekoracji wnętrz obiektu. Mimo tych ważnych zmian architektonicznych okres komendatorii był czasem spadku znaczenia klasztoru, który w 1607 przestał być własnością kanoników regularnych na rzecz cystersów-feuillantów dekretem papieża Pawła V. Niewiele zmieniło to w sytuacji opactwa: w 1761, po kilku skandalach obyczajowych z udziałem zamieszkałych w nim zakonników oraz zupełnym zanikiem życia religijnego na terenie klasztoru został on definitywnie zamknięty.
W 1795 opuszczone budynki zostały sprzedane w ramach prywatyzacji tzw. dóbr narodowych. Mimo tego nadal pozostawały w stanie niezabezpieczonym i w pierwszej połowie XIX w. stały się nielegalnym wysypiskiem śmieci. Konserwacja zabytku zaczęła się dopiero po zakupie ruin przez rodzinę Sallavuard w 1836 i wzroście zainteresowania ochroną dóbr kultury. W 1862 prace nabrały tempa ze względu na odkrycie na terenie opactwa kompleksu średniowiecznych dekoracji malarskich. Były one sukcesywnie poddawane konserwacji jeszcze do lat 90. XX wieku.