Kiedy dowódcą wojsk brytyjskich na Bliskim Wschodzie został gen. Archibald Wavell, Wilson objął dowództwo indyjskiej 4 Dywizji Piechoty i części australijskiej 6 Dywizji Piechoty. Brał aktywny udział w formowaniu Western Desert Force. Jednocześnie musiał zapewnić spokój na zapleczu tej armii, ponieważ władze egipskie zaczęły wyraźnie sprzyjać państwom Osi.
Kiedy 10 czerwca 1940 roku faszystowskie Włochy przystąpiły do wojny, atakując Egipt, natychmiast rozkazał przygotować kontrofensywę przeciwko sąsiadującej, włoskiej kolonii, Libii. Został jednak zmuszony do odwrotu przez przeważające siły włoskie. Przeprowadzona dopiero w grudniu kontrofensywa, znana jako operacja Compass, doprowadziła do zajęcia Cyrenajki, której gubernatorem mianowano Wilsona. Ponieważ istniała możliwość, że Niemcy zaatakują Grecję, Wilson został dowódcą sił ekspedycyjnych wysłanych do tego kraju. Mimo klęski na skutek niemieckiej inwazji, udało mu się ewakuować część wojsk na Kretę. Następnie powierzono mu dowództwo sił alianckich, które brały udział w zajmowaniu Syrii i Libanu bronionych przez wojska wierne rządowi Vichy. W grudniu 1941 roku Wilson otrzymał dowództwo 9 Armii stacjonującej w Syrii i Palestynie. W następnym roku przewidywano go na dowódcę 8 Armii, a po objęciu tej funkcji przez gen. Bernarda Montgomery'ego wysłano go do Iraku i Persji.