Kasę biletową na dworcu zlikwidowano we wrześniu 1993 roku. Stację Katowice Murcki po zamknięciu przebudowano na posterunek odstępowy, przystanek osobowy i ładownię. Ruch pasażerski przez Murcki został zawieszony 25 czerwca 1994 roku. Przed 2000 rokiem zamknięto odcinek do stacji towarowej przy kopalni Murcki. W czerwcu 2005 roku na odcinku od posterunku odgałęźnego Staszic do Katowic Murcek został zlikwidowany fragment linii nr 652 do Muchowca. Dnia 6 maja 2008 roku posterunek odstępowy Katowice Murcki zakończył funkcjonowanie. W latach 2010–2012 rozpoczęto likwidację infrastruktury – zlikwidowano perony, boczne tory, a także rozjazdy.
Dworzec kolejowy przed wyburzeniem pełnił funkcje mieszkalne, a wnętrza obiektu posłużyły również jako scenografia do filmu Lecha Majewskiego pt. Angelus. W czerwcu 2016 roku w dworcu kolejowym na piętrze wybuchł pożar, który strawił konstrukcję poddasza i dachu. W wyniku pożaru budynek wyłączono z użytkowania. W dniu 9 października 2018 roku ceglany budynek dworca po 148 latach istnienia został zburzony.