W wyniku tzw. pierwszego arbitrażu wiedeńskiego z dnia 2 listopada 1938 r. południowa część Gemeru powróciła w granice Królestwa Węgier. Tereny te wojska węgierskie zajęły w dniach 7-10 listopada i ponownie utworzono wówczas komitat Gömör-Kishont (choć w nieco innych granicach). Pozostałe tereny znalazły się w żupie nadhrońskiej (Pohronská župa), od 14 marca 1939 r. w granicach tzw. pierwszej Republiki Słowackiej. W maju 1945 roku przywrócono czechosłowacko-węgierską granicę sprzed listopada 1938 r.
W okresie komunistycznym Gemer był ponownie podzielony. Początkowo powrócono do podziału przedwojennego. W 1960 zachodnią część regionu włączono do kraju środkowosłowackiego (Stredoslovenský kraj), a wschodnią do kraju wschodniosłowackiego (Východoslovenský kraj). W 1990 zniesiono podział Czechosłowacji na kraje i przywróciła go dopiero niepodległa Słowacja w 1996.
Gemer współcześnie Gemer, jako historyczny region Słowacji, jest podzielony pomiędzy kraj bańskobystrzycki oraz koszycki, natomiast niewielki skrawek znajduje się też w preszowskim kraju (m.in.