Poparcie dla reżimu wśród duchowieństwa katolickiego w dużej mierze zależało od regionu. Większe było w Dalmacji oraz Bośni i Hercegowinie, niższe w Chorwacji i Slawonii. Wpływ miał też wiek księży - poparcie dla ustaszy było najwyższe wśród najmłodszych, a najniższe wśród starszych. Hierarchia katolicka podzieliła się na radykalną większość i mniejszość umiarkowanych krytyków NDH. Postawa duchowieństwa zależna była też od okresu rządów ustaszy, początkowo w większości była ona entuzjastyczna. Ludobójstwo ustaszy stopniowo podzieliło duchowieństwo na trzy grupy. Pierwszą stanowili przeciwnicy, którzy współpracowali z partyzantką jugosłowiańską - szacuje się, że było ich co najmniej 70. W drugiej grupie znaleźli się entuzjaści reżimu, w tym członkowie ustaszowskich organizacji i aktywni uczestnicy ich zbrodni. Większość duchowieństwa zajęła stanowisko pośrednie. Grupa ta sympatyzowała z prokatolickimi reformami Pavelicia (zakaz aborcji, pornografii i bluźnierstwa)Biondich (2007), s. 396 ale odrzucała wrogość reżimu wobec mniejszości wyznaniowych i etnicznych. W tej grupie odnotowano wiele zachowań dwuznacznych i niezdecydowania w kontaktach z dyktaturą.