W 1990 zmienił nazwę na FK Batumi i debiutował w 1. lidze Gruzji. W 1994 powrócił do historycznej nazwy Dinamo Batumi. W sezonie 2007/08 zajął 13. miejsce i spadł do Pirveli Liga. W 2021 roku zdobył swoje pierwsze w historii mistrzostwo Gruzji. Sezon 2022/2023 w europejskich pucharach, klub rozpoczął w pierwszej rundzie kwalifikacji Ligi Mistrzów UEFA przegranym 1:2 dwumeczem ze Slovanem Bratysława. Swoją grę kontynuował w Lidze Konferencji Europy UEFA, w drugiej rundzie trafiając na mistrza Polski Lecha Poznań. W pierwszym meczu Dinamo przegrało 0:5 w Poznaniu. W meczu rewanżowym w Batumi, klub zremisował 1:1 i odpadł z rozgrywek.
Aktualny skład Aktualny na dzień 25 lipca 2022.
Sukcesy Klasa B ZSRR, strefa 1: 6. miejsce: 1961 Puchar ZSRR: 1/8 finału: 1938, 1939, 1984/85 Mistrzostwa Gruzińskiej SRR: mistrz: 1938, 1940 Mistrzostwa Gruzji: mistrz: 2021, 2023 wicemistrz: 1997/1998, 2019, 2020, 2022 brązowy medalista: 1996/1997, 2016 Puchar Gruzji: zdobywca: 1997/98 finalista: 1992/93, 1994/95, 1995/96, 1996/97, 2023
Europejskie puchary