Przez następnych 21 lat (w okresie 1783–1804) wykładał regularnie na krakowskim uniwersytecie (do roku 1788 wykładał w języku łacińskim). W 1812 roku przystąpił do Konfederacji Generalnej Królestwa PolskiegoDziennik Konfederacyi Jeneralnej Królestwa Polskiego. 1812, nr 7, s. 59..
Reputacja Andrzej Trzciński popadł w prywatny konflikt z polskim uczonym Janem Śniadeckim. Oprócz tego Trzciński był dość konserwatywnym dydaktykiem, uczącym fizyki opisowej i skupionej na jakościowych doświadczeniach, zgodnie z ówczesnymi zwyczajami w wielu krajach. Śniadecki odwrotnie – popierał matematyzację i nauczanie na fizyce treści, które wówczas były przekazywane w ramach matematyki, a które weszły do kursów fizyki całe dekady później. Z tych kilku powodów Śniadecki rozpowszechniał negatywne opinie o Trzcińskim. Historyczka Mirosława Chamcówna powtarzała za Śniadeckim negatywne opinie o Trzcińskim (Dzieje Uniwersytetu Jagiellońskiego w latach 1765–1850): „w całej swej działalności dawał dowody nieuctwa, co dobitnie wykazywał mu Śniadecki”. Negatywne opinie o Trzcińskim powtarzali za Chamcówną późniejsi historycy nauki: Tadeusz Piech, Kazimierz Opałek i Bronisław Średniawa.