Bu al-Chajr wziął udział w wyborach prezydenckich 7 listopada 2003, zajmując w nich 4. miejsce z 5% poparciemElections in Mauritania, African Elections Database.. Już następnego dnia razem z Muhammadem Chuna uld Hajdallą oraz Ahmadem uld Daddahem uznał je za sfałszowane i nieważne„MAURITANIA: Opposition leader arrested after president re-elected”, IRIN News, 9 listopada 2003..
20 stycznia 2007 ogłosił swój start w kolejnych wyborach, po odsunięciu od władzy prezydenta Taji w wyniku zamachu stanu, AMI, 20 stycznia 2007.. W wyborach prezydenckich 11 marca 2007 zajął 4. miejsce z wynikiem 9,8% głosów poparcia, AMI, 15 marca 2007.. 19 marca 2007 ogłosił poparcie dla Sidi uld Szajcha Abdallahiego w drugiej turze głosowania„Debate between Mauritanian presidential candidates to be held on Friday”, Maghrebia, 20 marca 2007.. 26 kwietnia 2007 Boulkheir został wybrany przewodniczącym Zgromadzenia Narodowego. Jego kandydaturę poparło 91 z 93 deputowanych, biorących udział w głosowaniu, AMI, 26 kwietnia 2007..