XIX wiek W ramach represji po Powstaniu Listopadowym – ukazem księcia Mikołaja Dołgorukowa, generał-gubernatora grodzieńskiego, białostockiego, mińskiego i wileńskiego (1831–1840), z dnia 16 sierpnia 1832 roku – klasztor księży misjonarzy został zamknięty, beneficjum skonfiskowane, parafia przekazana księżom diecezjalnym, a zakonnicy przeniesieni do Białegostoku. Bezpośrednim powodem likwidacji był udział superiora siemiatyckiego ks. Kajetana Pawła Milewskiego (prob. 1827–1832) w Powstaniu Listopadowym. W czasie publicznej licytacji w 1856 roku większość zabudowań gospodarczych została sprzedana, a murowany spichlerz rozebrano w 1865 roku na budowę cerkwi prawosławnej w Siemiatyczach. Rosjanie skonfiskowali wyposażenie parafii, szkółki i szpitala - przytułkuA. Dobroński, Siemiatycze pod Zaborem Rosyjskim, [w:] Studia i Materiały do dziejów Siemiatycz, PWN, Warszawa 1989, s.97. W XIX wieku parafia obejmowała miasto i 41 wsi, a przy kościele istniały dwa bractwa: św. Trójcy oraz Różańcowe.
Kościół parafialny