Po upadku Powstania Warszawskiego w Krakowie przy ul. Szlak mieściło się Naczelnictwo „Szarych Szeregów”, czyli struktur podziemnego harcerstwaMiłobędzki, Przejście ZHP do konspiracji – Szare Szeregi – Pamięci konspiratorów krakowskiego Kedywu AK. Wielu harcerzy stracono w egzekucjach albo aresztowano podczas „Czarnej Niedzieli”Hasło Szare Szeregi – Pamięci konspiratorów krakowskiego Kedywu AK.
W mieście dokonano zamachów na niemieckich oficjeli, m.in. na wyższych oficerów SS Krügera i Koppego. Krakowski Okręg Armii Krajowej dokonał także nieudanej próby zamachu na generalnego Gubernatora Hansa Franka, w trakcie której wysadzono pociąg, którym jechał do Lwowa.
Krakowski Okręg AK czynnie uczestniczył w akcji „Burza” poza granicami miasta. W zachodniej części Okręgu Kraków AK formowane były wielkie z punktu widzenia wojskowego jednostki. Między innymi mające wziąć udział w walkach o Kraków – Dywizja Piechoty Górskiej oraz Krakowska Brygada Kawalerii Zmotoryzowanej.
Po upadku Powstania Warszawskiego, ludność Krakowa powiększyła się o 50 tys. mieszkańców Warszawy, wśród których byli również warszawscy powstańcy (krakowianie przyjęli także w tym czasie 22 tys. mieszkańców Wielkopolski).