Kolejne ułożone przez niego w 1566 wyznanie wiary (Cofessio helvetica posterior) zostało uznane za podstawę wiary przez ewangelików reformowanych w Holandii, Francji (1571), Polsce (1578), Szkocji i Szwajcarii (1566), Węgrzech (1567), a później w większości innych krajów. Przyjęcie wyznania wiary w ujęciu Bullingera zwano helweckimi konfesjami„Nowa Encyklopedia Powszechna PWN”, t. 1, Warszawa 1995, s. 601.. Johann Heinrich pisał komentarze do Biblii, dzieła polemiczne przeciwko anabaptystom i kazania. Opracował dzieje reformacji. Pozostawił po sobie imponujący zbiór ok. 12 tys. listów wysyłanych i otrzymywanych od znaczących postaci swojej epoki, w tym panujących (królowie Anglii – Henryk VIII i Elżbieta I i król Francji Franciszek II); w tym ok. 300 listów z Kalwinem. Głównym jego dziełem pozostają „Dekaden”, zwane także „Hausbuch”. Są zbiorem kazań, objaśniających wszystkie najważniejsze problemy teologii protestanckiej. Przełożone na wiele języków, stały się bardzo popularne wśród protestantów. Dzięki jego działalności reformatorskiej Zurych cieszył się opinią miasta przyjaznego dla protestantów, uciekających przed prześladowaniami z innych krajów. Wielu przybyło z Anglii, dokąd wrócili po śmierci królowej Marii Tudor, zw. „Krwawą”.