Księstwo Cieszyńskie zostało kilkakrotnie splądrowane przez armie biorące udział w wojnie trzydziestoletniej. W 1620 zniszczony został Skoczów i Strumień przez przybyłe z Rzeczypospolitej oddziały Lisowczyków, którzy uznali protestanckich mieszkańców tych miast za swoich wrogów. W roku następnym księstwo zostało dotkliwie zniszczone przez stacjonujące tutaj cesarskie wojska pod dowództwem pułkownika Karola Spinellego. Wreszcie w 1622 Cieszyn stał się terenem walk pomiędzy wojskami protestantów Jana Jerzego Hohenzollerna i katolików Karola Hannibala von Dohna. Obie armie prześladowały innowierców zamieszkujących księstwo cieszyńskie.
Samodzielne rządy i śmierć Objęcie przez Fryderyka Wilhelma formalnie samodzielnych rządów w 1624 nie przyniosło księstwu ulgi, zresztą wkrótce (na początku 1625 roku) książę wyjechał z polecenia cesarza do Niderlandów, gdzie miał objąć stanowisko dowódcy okręgu wojskowego. Podczas podróży książę niespodziewanie zachorował i 19 sierpnia 1625 zmarł w Kolonii.